店舗ごとに、異なる適格請求書発行事業者登録番号を設定することはできますか？
設定可能です。
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支払い方法ごと・店舗ごとに出力可否を設定できるか？
支払い方法ごとの出力可否は設定不可能となります。 固定で代引き、後払い、ポイント全額払いは領収書発行不可となります。 店舗ごとの変更も出来かねますが、使用する店舗のメールにのみ発行URLを差し込んでください。