入金日で各書類が発行されておりませんが、 法的に問題無いのでしょうか？
弊社の考えといたしまして、ECのアプリによる領収書は補完的なものと考えております。
銀行振込→振込明細書
カード→カード明細書
後払い→後払いサービス証明書
代引き→代引き明細書
各支払方法で証明書が発行されており、
ECで「現金取引」は発生せず、
発行日付とのトレースにおいては、上記の元証憑と付け合わせを行うため、影響はないと考えます。
通常のフローでは、商品発送連絡時に、領収書等発行URLがユーザに通知されますので、
支払い等が確定していない段階で発行されることもない認識です。
（基本情報設定にて、発行を許可するステータスを指定することも可能です）
また、発行日（発行依頼があった日）のほかに受注日も出力されるようになっております。
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