代引き決済の1つの伝票を2拠点からの発送（荷物2つ）にし、代引き手数料は1つ分にできますか？

1つの伝票を2つに分割し、2つのお荷物で発送することは可能です。

ただし、代引き手数料は、それぞれの荷物にかかり、どちらか一方の荷物だけにかけることはできかねます。

つまり荷物を分割した分、代引き手数料はかかることになります。